Pemikiran Said Agil Siroj, bagaimana berfikir rasional lebih baik dari pada berfikir liberal, pola berfikir rasional. Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama, KH Dr. Said Aqil Sirodj mengharapkan Pergunu dapat memahami agama dengan pendekatan rasional, kontekstual dan jangan liberal. “Dalam pemahaman keagamaan kita harus memakai akal yang benar dan jelas, rasional, kontekstual sesuai koteks masa dan temapt tapi jangan liberal, jangan lepas kendali dari al-quran dan hadis.” “Pergunu juga jangan hanya ngajar saja, ngaji saja, tapi harus mewarnai seluruh segi kehidupan.” Pemikiran said agil siroj, Dia juga mewanti-wanti Pergunu agar tidak ikut-ikut dalam hingar bingar perpolitikan.
Pergunu diharap lebih berkonsentrasi dalam ranah keilmuan dan dakwah kemasyarakatan. “Tidak boleh semua jadi politisi, menjadi DPR, dan sebagainya karena harus ada yang duduk manis untuk memahami, memperluas pemaknaan agama, mengubah masyarakat, mewarnai pola pikirnya” ujar Said dalam penutupan Rapat Kerja Nasional PERGUNU, Ahad malam (08/07) di Aula Pesantren Amanatul Ummah Pacet Mojokerto. “Kiai-kiai sepuh ndak usah di politik, hendaknya liyatafaqqahu fiddin dan liyundzira qawmahum, karena itu lebih terhormat dan itulah tugas para ulama.” Tegasnya lagi di hadapan para pengurus PERGUNU seluruh Indonesia. Sebuah pini tentang pemikiran tokoh-tokoh Nu, Pemikiran said agil siroj.